Η Intersex Greece αποτελεί τον επίσημο φορέα εκπροσώπησης, προστασίας και προώθησης των δικαιωμάτων των ίντερσεξ ατόμων στην Ελλάδα. Η διοικητική δομή της οργάνωσης βασίζεται σε μια συντονιστική ομάδα, αποτελούμενη από ενήλικα ίντερσεξ άτομα και γονείς ίντερσεξ παιδιών, εξασφαλίζοντας τη direct-experience (βιωματική) καθοδήγηση των δράσεών της, ενώ πλαισιώνεται από ένα διεπιστημονικό δίκτυο εξειδικευμένων συνεργατών. Το όραμα της οργάνωσης συνίσταται στην πλήρη θεσμική κατοχύρωση, προστασία και σεβασμό των ανθρωπίνων δικαιωμάτων των ίντερσεξ ατόμων τόσο σε εθνικό όσο και σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Στρατηγική αποστολή της Intersex Greece είναι η υλοποίηση του οράματος αυτού μέσω της συστηματικής συνηγορίας, της παραγωγής τεκμηριωμένης επιστημονικής έρευνας, καθώς και της ανάπτυξης πολυεπίπεδων συνεργασιών με οργανισμούς της Κοινωνίας των Πολιτών, κρατικούς φορείς και διεθνή θεσμικά όργανα. Οι επιχειρησιακοί σκοποί της οργάνωσης επικεντρώνονται στην παροχή εξειδικευμένης, ομότιμης υποστήριξης (peer-to-peer support) προς τα ίντερσεξ άτομα και το οικογενειακό τους περιβάλλον, καθώς και στην υλοποίηση προγραμμάτων επιμόρφωσης και ευαισθητοποίησης γύρω από τις φυσικές ποικιλομορφίες των χαρακτηριστικών φύλου. Παράλληλα, ο φορέας εργάζεται προσηλωμένα για την ενδυνάμωση, την κοινωνική ορατότητα και τη συνολική διασφάλιση των θεμελιωδών δικαιωμάτων της ίντερσεξ κοινότητας.